Die Herstellung von Holzpellets findet aus wirtschaftlichen Gründen meist in der Nähe von Fabriken statt, wo Holzabfälle in größerem Maße anfallen. Dies können etwa Sägewerke oder ähnliches sein. Vorteilhaft für den aufzubringenden Energiebedarf der Herstellung ist trockenes Holz, da dieses vorher nicht mehr getrocknet werden muss. Wird feuchtes Holz genutzt, etwa Abfallholz aus dem Wald, ist die Herstellung teurer. Zum Trocknen wird oft Energie aus einem angegliederten Heizkraftwerk genutzt, das mit Biomasse betrieben wird.
Der getrocknete Rohstoff wird zunächst in einer Mühle zerkleinert. Diese so entstandenen Holzspäne werden mithilfe einer Walze unter hohem Druck durch eine Matrize gepresst. Beim Austreten aus dieser Matrize, deren Löcher einen Durchmesser von knapp 10 mm haben, werden die Pellets in die richtige Länge geschnitten.
Die Holzspäne bleiben in dieser gewünschten Form, weil durch den enormen Druck Wärme entsteht. Laut Gesetz ist es auch erlaubt, Bindemittel zu benutzen. Dadurch haben die Pellets eine höhere Festigkeit und die Produktion ist einfacher und somit ist die Herstellung Holzpellets billiger. Allerdings dürfen beispielsweise nur Bindemittel aus Stärke eingesetzt werden.
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