Eine automatische Füllstandsmessung wird verwendet, um den Vorrat an Brennstoff kontinuierlich zu überwachen. Dies geschieht über verschiedene mechanische und elektronische Systeme. Der Besitzer der Heizungsanlage muss nach der Installation der automatischen Füllstandsmessung lediglich eine kritische Menge an Pellets in seinem Lager festlegen. Sobald diese unterschritten wird, meldet die Füllstandsmessung den kritischen Lagerbestand. Dies erfolgt entweder durch einen Signalton, einen Alarm, der an die Kesselsteuerung geschickt wird oder über eine Meldung auf das Handy des Besitzers. Der Besitzer der Heizungsanlage hat also noch ausreichend Zeit, um den Brennstoff Pellets nachzubestellen. Dadurch lässt sich außerdem ein Stillstand der Heizungsanlage verhindern, der vor allem bei großen Objekten auch mit erheblichen Kosten verbunden sein kann. Die Messung des Füllstandes kann sowohl durch eine elektronische als auch durch die kapazitive Messung erfolgen. Weit verbreitet sind zudem sogenannte Wägezellen. Diese erfassen das Gewicht der Pellets, die im Lager aufbewahrt werden und für die Heizungsanlage bereit liegen.